Соискатель-инженер
Тверской государственный технический университет
кандидат технических наук
УДК 004.94
1. Введение
Эпидемиология, научное исследование распространения болезней и их влияния на население, играет центральную роль в планировании общественного здравоохранения, профилактике заболеваний и политике здравоохранения [1-5]. От ранних вспышек чумы и холеры до современных проблем, таких как COVID-19 и грипп, эпидемиология опиралась на систематические методы описания, анализа и прогнозирования закономерностей передачи инфекции. Традиционно математические модели, такие как модель «восприимчивость–инфицирование–выздоровление» (SIR) и её расширения, давали представление о кривых распространения и пороговых значениях эпидемий. Хотя эти компартментальные модели обеспечивают простоту и аналитическую мощь, они часто предполагают однородное смешанное население, что неточно отражает гетерогенность и пространственную динамику реальных человеческих сообществ [6-10].
Предположение о гомогенном смешении не учитывает критические аспекты передачи заболеваний, включая пространственное кластерирование, социальные сети и экологические ограничения. В действительности инфекционные заболевания распространяются через локальные контакты, мобильность населения и географические границы. Эти факторы приводят к нелинейным и часто непредсказуемым моделям эпидемий, таким как локальные вспышки или волнообразные расширения. Следовательно, существует потребность в альтернативных подходах к моделированию, которые могли бы учитывать локальные взаимодействия и пространственную сложность, сохраняя при этом вычислительную управляемость. Клеточные автоматы (КА) реализуют такой подход, моделируя динамику эпидемий на индивидуальном или региональном уровне, что позволяет более реалистично отражать гетерогенность популяции [7-11].
Клеточные автоматы – это дискретные вычислительные модели, основанные на правилах, предложенные Джоном фон Нейманом и Станиславом Уламом для изучения сложных систем, возникающих в результате простых локальных взаимодействий. В модели клеточного автомата пространство представлено в виде сетки ячеек, каждая из которых может принимать конечный набор состояний. Состояние клетки на следующем временном шаге зависит от её текущего состояния и состояний её соседей, эволюционируя в соответствии с предопределёнными правилами перехода. Эта модель успешно применяется в различных областях: от физики и биологии до урбанистики и информатики. В эпидемиологии клеточный автомат позволяет отображать состояния болезни, такие как восприимчивость, инфицирование и выздоровление, на решётчатой структуре, где передача инфекции управляется динамикой локальных контактов [12-16].
Применяя КА в эпидемиологии, исследователи могут моделировать распространение заболевания как пространственно распределённый процесс, а не как равномерное усреднение. Например, инфицированная клетка может с определённой вероятностью передать заболевание соседним клеткам, при этом могут также происходить переходы к выздоровлению или гибели [17]. Этот простой механизм порождает такие эмерджентные формы поведения, как эпидемические волны, кластеризация инфекций и стохастические события вымирания. Важно отметить, что КА-модели позволяют включать данные реального мира, включая географические карты, демографическую плотность и модели мобильности, что делает их адаптируемыми инструментами как для теоретических исследований, так и для прикладного моделирования общественного здравоохранения [18-20].
По сравнению с традиционными моделями, КА обладает рядом преимуществ: учитывает пространственную гетерогенность, позволяет явно отражать индивидуальные взаимодействия и поддерживает моделирование таких мер, как карантин, вакцинация и ограничения мобильности. Более того, КА-модели обладают вычислительной эффективностью и легко масштабируются, что позволяет проводить крупномасштабное моделирование на современных высокопроизводительных вычислительных платформах. Благодаря интеграции географических информационных систем (ГИС) и методов машинного обучения, КА-модели всё чаще используются для оценки политических решений, прогнозирования сценариев вспышек и распределения ресурсов во время кризисов в области здравоохранения [21-33].
Цель данной статьи — исследовать роль клеточных автоматов в эпидемиологических исследованиях, освещая их теоретические основы, подходы к моделированию и практические приложения. Сравнивая модели эпидемий на основе клеточного автомата с классическими подходами, статья демонстрирует, как пространственно-явное моделирование может улучшить наше понимание динамики заболеваний. В статье также рассматриваются примеры применения клеточного автомата к реальным эпидемиям, оцениваются сильные и слабые стороны этого метода и определяются будущие направления интеграции клеточного автомата с передовыми вычислительными и основанными на данных методами. В конечном счёте, в данной статье подчёркивается потенциал клеточных автоматов как важнейшего инструмента в продолжающихся усилиях по прогнозированию, управлению и смягчению последствий эпидемических вспышек.
Актуальность темы заключается в том, что разработка проблемно-ориентированных систем управления имеет решающее значение для предотвращения и смягчения последствий эпидемических вспышек. Одним из ключевых инструментов анализа таких систем является использование математических моделей, способных прогнозировать пространственное и временное распространение инфекционных заболеваний. Традиционные компартментальные модели дают ценную информацию, но часто не обладают пространственным разрешением, что обусловливает необходимость их дополнения моделями, учитывающими локальные взаимодействия и географическое распределение.
Учитывая взаимодополняющий характер системно-динамических моделей передачи эпидемий, крайне важно интегрировать их с пространственно-явными подходами для эффективного прогнозирования динамики эпидемий. Такая интеграция позволяет проводить более комплексную оценку распространения заболеваний, сочетая глобальные закономерности с локальными особенностями передачи. Эпидемии по своей природе являются динамическими и пространственно распределенными системами, что делает их особенно подходящими для моделирования с помощью клеточных автоматов.
Клеточные автоматы позволяют представить пространственно-временную эволюцию, включая взаимодействие соседних очагов, стохастические эффекты и географическую гетерогенность. Это делает КА не только актуальным, но и мощным инструментом для изучения динамики эпидемий, оценки стратегий вмешательства и поддержки принятия решений в области общественного здравоохранения.
Целью данного исследования является улучшение прогнозирования и контроля динамики эпидемий путем применения клеточных автоматов для фиксации пространственно-временной эволюции инфекционных заболеваний посредством численного моделирования.
Задачи исследования:
Для достижения поставленной цели необходимо решение следующих задач:
Научная новизна данного исследования заключается в установлении эффективности клеточных автоматов (КА) как инструмента прогнозирования в эпидемиологии. Оно открывает новые перспективы в отношении того, как моделирование на основе КА может отражать пространственно-временную динамику распространения заболеваний, предоставляя эпидемиологам практичный и масштабируемый подход к прогнозированию вспышек и поддержке принятия решений.
2. Эпидемические автоматы
Эпидемиология, обогащенная анализом клеточных автоматов, представляет собой междисциплинарный синтетический подход, сочетающий биоматематику и динамическое вычислительное моделирование. Междисциплинарный подход крайне необходим для понимания распространения заболевания в социальной системе. Как пояснил Ангуло (1997), междисциплинарный подход к эпидемиям в принципе должен охватывать аналитические инструменты в области биологии, социально-поведенческой, географии в пространственном подходе, математики и вычислений, даже экономики и культурного анализа. Это понимание привело нас к усилиям по различению двух подходов, которые могут привести нас к синергетическому подходу биоматематики и вычислительной социологии [34-41].
2.1. Краткое введение в эпидемиологическую модель
Эпидемиология — это дискурс распространения заболевания или, в более глубоком смысле, распространения элементарных основ социальной системы. Распространение болезни в определённой местности или локально называется эндемией, а если она распространяется на несколько уровней эндемиков, то её следует называть эпидемией. Эпидемия крупного (мирового) масштаба называется пандемией. Эпидемиология – это интегральный подход, охватывающий природу, социальную санитарию, экономику и даже военные вопросы, что делает обсуждение эпидемиологии очень обширным. Другими словами, моделирование в эпидемиологии требует множества подходов, охватывающих экологию живых организмов в целом. В основном, эпидемиология изучает, как живые организмы могут выживать в своей экосистеме [42], [43].
В настоящее время эпидемиологии известно множество моделей распространения болезней. Одной из известных моделей является стохастическая модель, такая как модель Кермака и Маккендрика [44]. Этот результат разработки затем подтверждается результатами нашего экспериментального моделирования во втором разделе статьи. Обычная инновационная эпидемиологическая модель различает восприимчивость автомата к воздействию болезни, заражению, а затем выздоровлению или смерти – эта модель известна как модель SIRS [45-49].
Эпидемиологическая модель, использующая клеточные автоматы, – это модель, которая фокусируется на пространственном распространении болезни. Это означает, что эта перспектива пытается понять структуру процесса распространения, чтобы затем смоделировать ее с помощью вычислений [50].
2.2. Клеточные автоматы при эпидемиях
Вначале клеточные автоматы служили моделью в физике для анализа динамики микромасштабных частиц, такой как термодинамическое правило, модель спинового стекла и т. д. [51-56].
Однако в целом можно сказать, что клеточные автоматы — это динамическая система, сформированная на основе пространственного и дискретного времени как модели физического процесса как вычислительного устройства [57-59]. Клеточные автоматы состоят из пространственных сеток, размещённых ячейками в определённое время (t) и состояние. В каждый дискретный момент времени мы выполняем итерацию, в ходе которой ячейки обновляются по определённым правилам. В этом случае можно сказать, что клеточные автоматы — это совершенные машины с обратной связью, или, более конкретно, конечные автоматы, состояние которых изменяется шаг за шагом [60-66].
По размерности клеточные автоматы можно разделить на одно-, двух- или трёхмерные. Эту классификацию, безусловно, легче понять, рассмотрев, как работает или итерируется модель клеточных автоматов. В модели эпидемии мы обосновываем идеи реальностью пространственной системы. Одно из применений двумерных клеточных автоматов показано на рисунке 1: движение псевдоподий амебы. Двумерные клеточные автоматы известны в биометрических исследованиях и поведении организмов – наиболее известным применением является приложение для искусственной жизни, которое объясняет поведенческую структуру организма в пространстве [67-73].
В клеточных автоматах нам известны два основных понятия:
- Правила микродинамики состояния клетки
- Решетка (сетка) для представления пространственного положения каждого автомата.
Эти два понятия дают представление о динамике каждого автомата, представляющего объект, который мы наблюдаем. В качестве динамической модели для эпидемиологии мы представляем распространение болезни, используя эпидемиологические параметры в правилах клеточных автоматов, и то, как она распространяется внутри автомата позиционной единицы [74-76].
Рис. 1. Имитация движения амёбы (одноклеточного животного) с движением её псевдоподий с использованием клеточных автоматов 2-D.
Рассматривая простую модель распространения болезни, описанную выше, в эпидемиологии мы выделяем как минимум 3 состояния автоматов, а именно:
1. Состояние восприимчивости, то есть состояние, при котором агент популяции ещё не инфицирован, но имеет определённый вероятностный потенциал заражения.
2. Состояние инфицирования, то есть состояние, при котором агент инфицирован.
3. Состояние выздоровления, то есть состояние, при котором агент исчезает, будь то выздоровление или смерть.
В эпидемиологической динамике мы также представляем вычислительные параметры популяции, а именно:
- Соседство (взаимосвязанность одного агента с другим) в пространстве или в сети (агент пространственно не остаётся в стороне, но имеет тесные взаимосвязи, такие как транспортировка и т. д.).
- Вероятность заражения и способность человека выздороветь или умереть от болезни.
- Фазы, возникающие в результате заражения болезнью, и вероятность выздоровления и повторного заражения.
С этого момента мы анализируем, как клеточные автоматы моделируют эпидемиологию заболевания птичьим гриппом посредством небольшого обзора экологической модели его распространения.
2.3 Модельная структура
В данном исследовании для моделирования пространственно-временной динамики распространения эпидемии используется метод клеточных автоматов (КА). Популяция представлена в виде двумерной решетки ячеек, каждая из которых соответствует особи или субпопуляции. Каждая ячейка может находиться в одном из четырёх состояний: восприимчивая (S), инфицированная (I), выздоровевшая (R) или удалённая (M). Переходы между состояниями происходят дискретно по времени на основе вероятностных правил, выведенных из эпидемиологических параметров.
Для учета локальных взаимодействий между особями используется окрестность Мура (восемь соседних ячеек). На каждом временном шаге восприимчивая клетка заражается, если заражена хотя бы одна соседняя клетка, с вероятностью Pinf. Заражённые клетки восстанавливаются с вероятностью Prec или переходят в состояние удалённой клетки с вероятностью Prem. Правила определяются следующим образом:
Модель КА была реализована с помощью специального численного моделирования на Python с размером сетки 200×200 ячеек. Начальное условие предполагало, что 5% популяции инфицированы и случайным образом распределены по сетке. Значения параметров были заданы следующим образом: вероятность заражения 𝑃inf = 0,3, вероятность восстановления 𝑃rec = 0,1 и вероятность удаления 𝑃rem = 0,05. Моделирование проводилось в течение 300 временных шагов, чтобы охватить как фазы вспышки, так и фазы стабилизации эпидемии.
Для валидации модели результаты моделирования с использованием CA были сравнены с результатами, полученными с помощью стандартной компартментальной модели SIR при эквивалентных значениях параметров. Сравнение было сосредоточено на эпидемических кривых (числе инфицированных с течением времени), пиковых уровнях инфицирования и окончательном масштабе эпидемии.
3. Экспериментальные результаты
Модель КА успешно генерировала эпидемические волны, распространявшиеся от первичных очагов инфекции. Пространственная визуализация выявила формирование очагов и локальных вспышек, которые постепенно сливались в более крупные эпидемические зоны. Пространственно-временное развитие инфекции продемонстрировало способность КА более реалистично представлять гетерогенную динамику передачи инфекции, чем однородные компартментные модели.
Эпидемическая кривая, полученная с помощью модели CA, продемонстрировала быстрый рост числа случаев заражения на начальном этапе (шаги 0–50), достигнув пика около шага 120. На этом пике одновременно заразилось примерно 45% населения. После этого число инфицированных снижалось по мере увеличения числа выздоровевших и эвакуированных. Окончательный размер эпидемии, определяемый как доля людей, заразившихся во время моделирования, составил приблизительно 72%.
Экспериментальная часть исследования включала настройку симуляции клеточного автомата (КА) на основе сетки для моделирования распространения эпидемии. Популяция была представлена в виде двумерной сетки, где каждая ячейка соответствовала отдельному человеку. Начальные условия определялись путем присвоения состояний каждой ячейке: большинство людей считались восприимчивыми, а несколько случайным образом определялись как инфицированные, выступая в качестве первоначальных источников заражения. Были установлены правила перехода для управления динамикой моделирования, определяющие, как восприимчивые люди могут заразиться при контакте с инфицированными соседями, как инфицированные люди могут выздороветь с течением времени и как некоторые могут быть исключены из популяции в результате смерти или по другим причинам. Затем моделирование запускалось итеративно в течение нескольких временных шагов, при этом состояние каждой ячейки обновлялось в соответствии с этими правилами. На каждом шаге собирались данные для отслеживания количества восприимчивых, инфицированных, выздоровевших и исключенных людей, что позволяло наблюдать за пространственной и временной динамикой эпидемии до формирования итоговой картины, представленной в результатах.
В модели эпидемии клеточных автоматов инфекция распространяется постепенно по популяции. Изначально большинство особей восприимчивы (светло-голубой цвет), в то время как некоторые случайно заражаются (красный цвет), выступая в качестве источников инфекции (Рисунок 2). На каждом временном шаге восприимчивые особи проверяют соседние клетки (обычно соседние) и могут заразиться, если один или несколько соседей заражены, исходя из заданной вероятности. Одновременно инфицированные особи могут выздороветь (зеленый цвет) или быть удалены (черный цвет) в соответствии с правилами модели восстановления и смертности. Этот процесс повторяется в течение нескольких итераций, позволяя инфекции постепенно распространяться по сетке. Со временем кластеры инфекции расширяются, выздоровевшие особи появляются по краям зараженных областей, а оставшиеся восприимчивые особи наблюдаются в незараженных областях, обеспечивая динамическую визуализацию распространения эпидемии.
Рис. 2. Моделирование распространения заболевания на основе сетки, с использованием модели КА для представления динамики эпидемии.
На этом рисунке представлена симуляция распространения заболевания на основе сетки, вероятно, с использованием модели клеточных автоматов для иллюстрации динамики эпидемии. Каждый небольшой квадратик, или ячейка, в сетке соответствует отдельному человеку в популяции, состояние которого обозначено цветом. Светло-голубые ячейки представляют собой восприимчивых людей, которые здоровы, но могут заразиться при контакте с инфицированными. Красные ячейки обозначают уже инфицированных людей, способных передавать заболевание, а зеленые — тех, кто выздоровел и предположительно имеет иммунитет. Черные ячейки, хотя и не видны на этом изображении, представляют людей, исключенных из популяции в связи со смертью или по другим причинам. Красный кластер в сетке демонстрирует распространение инфекции в популяции: зеленые ячейки по краям указывают на выздоровление, а светло-голубые ячейки, окружающие инфицированную область, представляют тех, кто все еще восприимчив. Такая модель представляет собой визуальный инструмент для понимания распространения эпидемии с течением времени, позволяя исследователям изучать взаимодействие между заражением, выздоровлением и выздоровлением в популяции и оценивать потенциальные меры контроля.
Сравнительная диаграмма, показывающая распространение инфекции с течением времени, представлена на рисунке 3.
Рис. 3. Сравнение распространения инфекции с течением времени.
Эта визуализация наглядно демонстрирует, как модель CA отражает пространственную гетерогенность и реалистичную динамику эпидемии, в отличие от традиционной модели SIR.
Сравнение традиционных моделей SIR/SEIR и предложенной модели клеточного автомата (CA) демонстрирует существенные различия в подходах к моделированию эпидемий (Таблица 1). Традиционные модели рассматривают население как однородное и хорошо перемешанное, что упрощает расчёт средних показателей заражения и выздоровления, но при этом не учитывает пространственную динамику и локальные взаимодействия.
В таких моделях распространение инфекции и выздоровление описываются глобальными коэффициентами, а возможности моделирования целенаправленных вмешательств ограничены на уровне всего населения. Напротив, модель клеточного автомата предлагает явное индивидуальное представление населения на пространственной сетке, что позволяет учитывать локальные взаимодействия и формирование кластеров. Распространение инфекции происходит шаг за шагом, от соседа к соседу, а показатели выздоровления и удаления могут варьироваться для каждого индивидуума. Кроме того, модель CA обеспечивает высокую гибкость при моделировании вмешательств, позволяя воздействовать на конкретные зоны, и предоставляет наглядную визуализацию очагов, волн и кластеров инфекции. Всё это делает модель клеточного автомата более реалистичной для анализа локальных вспышек и высокой адаптивной к сложным правилам и вероятностным сценариям, превосходя традиционные SIR/SEIR модели по точности и информативности.
Эта таблица показывает, что модель CA обеспечивает превосходную реалистичность и гибкость по сравнению с традиционными компартментальными моделями. Она учитывает пространственную гетерогенность, локализованные кластеры и пошаговую динамику инфекции, которые невозможны в классических моделях SIR/SEIR, что делает её более точным инструментом для моделирования и анализа эпидемий.
Заключение
В данном исследовании представлен параллельный подход к моделированию распространения эпидемии с использованием клеточных автоматов, при этом моделирование инициируется из одной точки заражения. Хотя более реалистичные сценарии могут включать несколько начальных очагов заражения, эти вопросы будут рассмотрены в будущих исследованиях. Текущая модель основана на синтетических данных, учитывая, что реальные параметры передачи могут варьироваться в зависимости от ранних оценок эпидемии. Хотя диапазоны параметров можно определить с помощью оптимистичных и пессимистичных границ, чрезмерно широкие интервалы могут привести к нереалистичным результатам, таким как преждевременное исчезновение заболевания.
Эффективность распараллеливания чувствительна к количеству используемых процессоров; в небольших системах накладные расходы на связь могут снизить преимущества параллельного выполнения. Однако для крупномасштабного моделирования, например, вспышек пандемического уровня с мелкозернистыми пространственными разбиениями, предлагаемый алгоритм обеспечивает существенные вычислительные преимущества. Правильная конфигурация границ разбиений имеет решающее значение, поскольку неоптимальные контуры могут увеличить вычислительную нагрузку, особенно когда процессорам приходится часто проверять граничные ячейки для предотвращения ошибок при кросс-разбиении. Несмотря на эти сложности, модель обеспечивает надежную аппроксимацию развития эпидемии. Регулируя параметры, включая вероятность передачи заболевания, модель может моделировать распространение инфекции через любую ячейку сетки в течение правдоподобного периода времени, охватывая широкий спектр реальной эпидемической динамики. Кроме того, такой подход снижает практические трудности решения обыкновенных дифференциальных уравнений, лежащих в основе многих эпидемиологических моделей.
В будущем исследования будут сосредоточены на расширении этой пространственной модели для охвата более широких географических регионов, что потребует комплексных наборов географических и демографических данных. Еще одним перспективным направлением является разработка более универсального параллельного решателя, специально предназначенного для сеточных вычислений, способного поддерживать различные компартментальные модели, обычно используемые в эпидемиологии.
Комментарии пользователей:
|
19.09.2025, 9:13 Ашрапов Улугбек Товфикович Отзыв: Вопросы общественного здравоохранения играют важную роль в нашем обществе, особенно в связи с распространением вирусов в населённых пунктах. Эпидемии – это заболевания, которые быстро и широко распространяются путём инфицирования и поражают множество людей в определённой местности или группе населения одновременно. Примерами эпидемий являются Чёрная смерть в середине XIV века, так называемая пандемия испанского гриппа в 1918 году, тяжёлый острый респираторный синдром (ТОРС) в 2002 году, пандемия COVID-19 из-за распространения коронавируса SARS-CoV-2 в 2020-2023 годах. Математическая эпидемиология (МЭ)занимается моделированием распространения инфекционных заболеваний среди населения. Целью МЭ является понимание динамики заболевания для контроля его распространения. Такие модели используются, например, для разработки политики вакцинации против детских болезней. Математическое моделирование в эпидемиологии было впервые применено Бернулли в 1760 году, демонстрирующей эффективность метода вариоляции против оспы. В статье "Моделирование динамики эпидемий с помощью параллельных клеточных автоматов в больших пространственных областях" автором исследуется применение клеточных автоматов в эпидемиологии и моделирование распространения заболеваний. Статья имеет актуальность. Однако, имеет ли недостатки данное моделирование рассчитанное для выявления распространения эпидемии с использованием КА? Например, в работе [https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7127728/] предложена модель КА, которая имеет некоторые недостатки: эффект малого мира (нелокальный эффект), который имеет решающее значение для моделирования атипичной пневмонии, ящура и авиационного гриппа, а также эффекты сезонности, которые имеют решающее значение для моделирования кори. |
|
22.09.2025, 10:15 Башабшех Мурад Махмуд Отзыв: Здравствуйте, уважаемый Ашрапов Улугбек Товфикович! Спасибо вам большое за положительный отзыв. Благодарю Вас за внимательный отзыв и ценные замечания к нашей статье. Вы абсолютно правы, что такие факторы, как эффект малого мира (нелокальные взаимодействия) и сезонность, играют ключевую роль при моделировании динамики ряда инфекционных заболеваний, включая атипичную пневмонию, ящур, птичий грипп и корь. Следует отметить, что представленная в работе модель параллельного клеточного автомата была направлена прежде всего на демонстрацию вычислительных преимуществ и возможностей пространственного моделирования при использовании параллельных архитектур. При этом ряд дополнительных аспектов, включая эффекты сезонности и нелокальных взаимодействий, действительно не был учтён в текущей реализации. В дальнейшем планируется расширение модели с включением указанных Вами факторов, что позволит повысить биологический реализм симуляции и сделать результаты более применимыми для практических задач эпидемиологии. Ваши комментарии представляют важное направление для развития исследования, и мы учтём их в будущих работах. С уважением, Башабшех Мурад |